כפי שהארכנו לעיל, אירע פילוג הדעות בין חכמי בית א-ל דאז לבין 'בעל הסולם' בזמן שנפגשו ביניהם. כי אלה אחזו בדרך הרש"ש הק', שהיא מערכת הבנות ופירושים על פי פשט לשון האר"י ומושגיו, בעוד הרב אשלג חודר להבנה והסברה של הנמשל שבדברים. מסתבר כי התנגדות הספרדים לעסוק בנמשל ובכל מה שלא עולה בתיאום מלא עם דברי הרש"ש, הפכה להתנגדות חסרת פשר לספריו אצל כמה מתלמידיהם ובדור שלאחר מכן גם להתנגדות לאיש עצמו, בעיקר אצל המון הלומדים שלא שימשו כל צורכם.
אף על פי כן, הרב אשלג היה בידידות עם רבי מסעוד אל חדאד הכהן ראש הישיבה הק' בית א-ל שגם מסר לו במתנה עותק מספרו שמחת כהן (שו"ת). בראש ספרו הודפס לראשונה מתוך כתב יד מהרח"ו, דרוש נשגב ועמוק של מהרח"ו אשר קרא שמו "דרוש חפציבה". על דרוש זה ייסד הרב אשלג כמה עניינים אשר מבלעדי זה אין להם מקור גלוי באר"י כי אם ברמז[1] כפי שהוא עצמו כותב בספר פרי חכם.